iTRAQ可以比较多组样品之间的蛋白表达差异。假定你要研究的不同样本之间发生了蛋白层面的改变，而并不知道究竟是哪些蛋白发生了改变，以及这些蛋白的表达量改变了多少？所有的这类问题，iTRAQ技术可以完美地解决。
相比较基因表达谱芯片、RNA-SEQ，iTRAQ直接从蛋白层面上研究蛋白质的表达水平，要比从转录水平推测蛋白表达水平直接的多，因为生物学功能最终还是由蛋白质直接实现的。
相比较蛋白芯片，ELISA等技术，iTRAQ直接利用高通量质谱技术，一次实验可以进行2-8个样品的分析，而且完全覆盖蛋白质组，适用于全部蛋白翻译后修饰研究，磷酸化，乙酰化，糖基化，甲基化….
