对iTRAQ实验结果得到的差异分子进行生物通路数据分析，可以获取所有提交的蛋白在各个通路的各个节点中的相对表达量。
常用如下三种方法进行iTRAQ数据分析：

说明： KEGG 通路图。绿色节点为某个物种中表达的基因。红框表示基因表达差异的分子。蓝色bar表示蛋白在多个样本中的相对表达量趋势。

说明：BIOCARTA通路图。蓝色bar表示蛋白在多个样本中的相对表达量趋势。

第三种：在Protein Lounge 通路中的Mapping

说明：蓝色bar表示蛋白在多个样本中的相对表达量趋势。